Иоанно-Богословский монастырь возник в конце XII – начале XIII веков и был основан греческими монахами-миссионерами, которые принесли с собой чудотворную икону апостола Иоанна. Этот образ стал главной святыней монастыря. В XVI-XVII века монастырь неоднократно разорялся крымскими татарами, но каждый раз восстанавливался вновь. К середине XIX века Иоанно-Богословский монастырь пришел в упадок, но, благодаря купцу Дмитрию Ивановичу Хлудову, возрождается вновь.
В 1930 году насельники монастыря во главе с престарелым настоятелем архимандритом Зосимой (Мусатовым) были арестованы и осуждены к различным срокам ссылки в Казахстан. Сам монастырь был закрыт и упразднен. Накануне закрытия из обители исчез древний чудотворный образ апостола Иоанна Богослова, и с того времени местонахождение иконы неизвестно. Иоанно-Богословский монастырь был возвращен РПЦ в 1988 году. С этого момента началось восстановление разрушенной обители.
В настоящее время в состав монастыря входят семь храмов, две колокольни и две часовни. Недалеко от монастыря находится святой источник, известный среди православных как целебный. Рядом с источником находится купель, открытая круглый год для посещения. Также рядом с источником возводится новая пятиглавая часовня. При монастыре действует паломнический центр с комфортабельными номерами.
